Grandiosa basilica, sormontata da una bellissima cupola e costruita tra il 1569 e il 1679 su progetto dell'Alessi. Vi sono racchiuse la Porziuncola (nucleo del primo convento francescano e dove, nel 1211, S. Chiara ebbe da S. Francesco il saio francescano) e la Cappella del Transito (dove il Poverello morì il 3 Ottobre 1226) affrescata dallo Spagna. Le cappelle laterali della basilica recano pregevoli dipinti dei secoli XVI-XVIII.

A lato della Basilica è la Cappella delle Rose, affrescata da Tiberio d'Assisi.
Nell'annesso Museo sono conservate opere del Maestro di S. Francesco, di Giunta Pisano ed altri con sale a tema: Il Paesaggio della Porziuncola; la Porziuncola tra il XIII e il XV secolo; iconografia mariana; la basilica alessiana.