Annessa alla Basilica di San Francesco comprende anche il Fondo antico della Biblioteca Comunale e la Biblioteca e Archivio Vescovile; la biblioteca francescana del Convento di Assisi è sorta nel 1230, in seguito all'insediamento dei primi frati nelle abitazioni a ridosso della Basilica.
 

La collocazione originale della biblioteca non ci è nota, ma documenti del XIV secolo la descrivono divisa in  pubblica e segreta, collocata sul lato occidentale del chiostro di Sisto IV. Oggi il vano originale che conteneva la biblioteca è diviso in tre aule.

Cresciuto il numero di libri, sulle volte di questa sala fu costruita la biblioteca superiore, terminata attorno alla metà del XV secolo.

L'invenzione della stampa causò un progressivo abbandono dei testi manoscritti. Successivamente, alcuni di essi andarono perduti, specialmente durante il saccheggio effettuato dalle truppe napoleoniche.

Nel 1902 la Biblioteca e l'archivio francescano furono trasferiti in sede comunale, ed hanno fatto ritorno al Sacro Convento solo nel 1981, dopo che il Concordato del 1929 ha riconosciuto alla Santa Sede la proprietà del prezioso archivio.