Il complesso basilicale si compone di due chiese sovrapposte – L’inferiore (1228 -1230) e la superiore (1230-1253) - e una cripta con la tomba del Santo, scavata nel 1818, dove riposano le spoglie in un semplice sarcofago poggiato sulla viva roccia. La decorarono i maggiori pittori del '200 -'300: Cimabue, Giotto, i Lorenzetti, Simone Martini. Stupende le vetrate di Giovanni di Bonino e Puccio Capanna.


La chiesa superiore, ad una navata, è impreziosita dagli affreschi di Giotto che illustrano la vita del Santo. Vi sono pure opere di Cimabue, Cavallini, Torriti e un coro ligneo di fine '400.

Interessantissima è la collezione Perkins ove sono raccolti dipinti su tavola, sculture lignee, sinopie, avori, tessuti, arazzi e oreficeria, oltre alla raccolta di opere della donazione Perkins.


Il Tesoro ove sono raccolti parati e arredi sacri, dipinti dal XIII al XV secolo.